Trịnh Như Khuê sinh ngày 11 tháng 12 năm 1898 tại làng Tràng Duệ, xã Tràng An, huyện Bình Lục, tỉnh Hà Nam,[1] là con trai trưởng trong một gia đình Công giáo có 10 anh chị em.[5] Thân phụ ông, Trịnh Như Thành là một nho sinh, từng dự định tham gia thi cử tại trường thi Nam Định nhưng bị triều đình cấm thi. Vì vậy, Trịnh Như Thành về mở trường dạy chữ Hán, đồng thời làm chánh trương giáo xứ kiêm chức vụ lý trưởng.[6] Thân mẫu ông dâng tiến cậu bé Khuê cho Bà Maria từ thuở mới sinh.[7]

Lên 6 tuổi, cậu bé Khuê học khai tâm chữ Hán và tỏ ra rất nhanh lẹ, ít lâu sau đã đọc được sách truyện Tử đạo bằng chữ Nôm.[6] Thân phụ cậu phản đối ý tưởng tu trì nhưng bà nội cậu can thiệp và thân phụ đồng ý cho cậu đi theo con đường tu nghiệp.[8] Thấy cậu bé Khuê có chí hướng đi tu, linh mục chính xứ tên Thông quyết định nhận cậu làm con nuôi và giới thiệu cho vào tu tập tại Tiểu chủng viện Hoàng Nguyên. Sau khi mãn khóa, Trịnh Như Khuê trở thành một thầy giảng, được phân công về Nhà thờ Hàm Long. Linh mục chính xứ giáo xứ Hàm Long là Dépaulis giới thiệu cho thầy giảng Khuê vào học tiếp tại trường Puginier, một trường tư thục Công giáo do các tu sĩ Dòng La San điều hành. Sau khi kết thúc khóa học, thầy Khuê tiếp tục con đường tu học bằng việc vào Đại chủng viện Kẻ Sở học triết học.[6] Trịnh Như Khuê được nhận xét là thông minh và chăm học. Cuối năm học thứ hai, chủng sinh Khuê do mắc chứng bệnh nhức đầu nên quyết định về dưỡng bệnh tại nhà xứ của linh mục Thông. Nhận được tin, linh mục Dépaulis lại gọi chủng sinh Trịnh Như Khuê đến Hà Nội để săn sóc.[8]

Ngày 20 tháng 5 năm 1925, Giáo hoàng Piô XI thiết lập Khâm sứ Tòa Thánh tại Việt Nam và cử Giám mục Constantino Ayuti làm Khâm sứ đại diện Tòa Thánh. Thầy giảng Giuse Trịnh Như Khuê được Giám mục Tông Toà Hà Nội Pierre Gendreau Đông đề cử làm thông ngôn cho Khâm sứ Toà Thánh Ayuti, tháp tùng vị Giám mục này này đi kinh lược.[6] Trịnh Như Khuê tháp tùng Khâm sứ Tòa Thánh nhiều chuyến đi mục vụ và rất thông thạo tiếng Pháp, nên hỗ trợ Khâm sứ Ayuti một cách đắc lực. Khâm sứ Tòa Thánh ngỏ ý gửi thầy giảng Khuê du học Pháp, tuy vậy, ông không nhận.[8] Trong thời kỳ này, vào mỗi buổi chiều, Khâm sứ Tòa Thánh cùng Trịnh Như Khuê tản bộ tại phố phường Hà Nội.[9]

Sau khi Khâm sứ Ayuti qua đời tại Sài Gòn ngày 29 tháng 7 năm 1928, thầy giảng Trịnh Như Khuê trở về Hà Nội và đi giúp xứ Kẻ Noi. Linh mục chánh xứ vốn khó tính, có rất nhiều lượt thầy giảng để hỗ trợ nhưng đều không hài lòng. Tuy vậy, linh mục này lại hài lòng với thầy giảng Khuê[10] nên chỉ một năm sau, Trịnh Như Khuê được gọi về Đại chủng viện Kẻ Sở học thần học.[6]